Venimos recorriendo el año 1506 en el las Indias sufren desgobierno porque en España, la sucesión de la corona sufre una peligrosa crisis. El archiduque Felipe, ahora rey Felipe I de España, y esposo de Juana I, llegado a España junto con su esposa, elude el encuentro personal con su suegro, el viejo rey gobernador, Fernando el Católico, hasta tener bien atado el gobierno de Castilla en solitario. Su voluntad es incumplir la Concordia de Salamanca firmada en noviembre del año anterior. Fernando el Católico, indignado por el trato a su hija, publica una querella en la que pide a los nobles unirse para liberarla por las armas, pero éstos le van abandonando y Cisneros reconduce la situación para lograr que acepte capitular en un nuevo pacto: la Concordia de Villafáfila, firmada en junio de 1506, en la que acepta abandonar Castilla y retirarse a sus reinos de Aragón.