Il Museo ospita collezioni mineralogiche, paleontologiche e zoologiche. Le collezioni mineralogiche comprendono raccolte risalenti all'Ottocento, tra cui spicca quella delle meteoriti, e collezioni più recenti frutto di acquisto o donazioni. Le collezioni paleontologiche comprendono sia invertebrati che vertebrati fossili e una raccolta di filliti fossili provenienti da varie località italiane. Le collezioni zoologiche comprendono raccolte malacologiche, primatologiche, osteologiche relative ai cetacei, erpetologiche, entomologiche, ornitologiche e di anatomia comparata.