When You're Lost in the Darkness. En 2003, un virus fúngico desencadena una pandemia mundial y convierte a sus víctimas en atacantes sedientos de sangre. Joel huye con su hija Sarah cuando el virus comienza a propagarse, pero ella es asesinada por un soldado que los ataca, mientras que Joel es salvado por su hermano Tommy. Veinte años después, el virus ha devastado el mundo; Joel vive en la zona de cuarentena de Boston administrada por la Agencia Federal de Respuesta a Desastres (FEDRA), como contrabandista con su compañera Tess. Cuando Tommy no logra contactarlos desde su ubicación en Wyoming, intentan comprar una batería de automóvil a un distribuidor local, pero en cambio se la venden a las Luciérnagas, un grupo rebelde que se opone a FEDRA. Al intentar recuperarlo, descubren que el trato salió mal y Marlene, la líder herida de las luciérnagas, les ruega a Joel y Tess que lleven a la joven Ellie a la Casa del Estado de Massachusetts a cambio de suministros. Son atrapados por un soldado mientras se escabullen y Ellie lo apuñala cuando los prueba para detectar infecciones. Cuando el soldado intenta dispararle, Joel lo golpea hasta matarlo. Tess se da cuenta de que Ellie está infectada, pero Ellie les promete que no se volverá una infectada. Entran en una zona de contaminación biológica para huir de los soldados FEDRA que los persiguen.