Patrick Boucheron est né en 1965, à Paris. Après des études secondaires au lycée Marcelin Berthelot (Saint-Maur-des-Fossés) puis au lycée Henri IV (Paris), il entre à l'École normale supérieure de Saint-Cloud en 1985 et obtient l'agrégation d'histoire en 1988. C'est sous la direction de Pierre Toubert qu'il soutient en 1994 à l'université de Paris 1 sa thèse de doctorat d'histoire médiévale, publiée quatre ans plus tard sous le titre Le pouvoir de bâtir. Urbanisme et politique édilitaire à Milan (XIVe-XVe siècles), Rome, École française de Rome, 1998 (Collection de l'EFR,...