Jean-François Joanny a commencé sa carrière au CNRS où il a occupé un poste de chargé de recherche au sein du laboratoire de physique de la matière condensée du Collège de France à Paris, puis à Lyon. Il a été nommé professeur de physique à l'université Louis-Pasteur à Strasbourg en 1989, puis professeur à l'université Pierre-et-Marie-Curie (UPMC) en 2003. Physicien, c'est avant tout un théoricien qui a travaillé sur divers aspects de la physique de la matière molle, puis de la physique pour la biologie.