2000년대 교회의 평화통일 운동과 북한선교 북한체제 붕괴가 가시화되었다고 생각한 한국교회가 90년대 북한교회 재건운동에 나선 이후에도 북한 체제가 유지되지 한국교회의 북한선교 방향은 탈북자 선교를 통한 영적 성전 건축사업으로 전환되었습니다. 90년대 남한교회의 북한에 대한 시선은 낙관론과 신중론 두 가지였습니다. 그런 가운데 예장 통합교단은 교류와 소통을 추구하는 획기적 북한선교 정책을 추진해 나갑니다. 그 결과로 97년 조선그리스도교연맹과 접촉하여 밀가루를 지원하였고, 관련노회 즉 평양노회 차원에서 온실공급과 환자지원 사업 등으로 이어졌습니다. 또한 이후 과거 존재했던 신학교 재건을 지원하고 평양제일교회를 건축함으로써 북한교회 재건의 꿈을 실현하게 되엇습니다. 이후에도 통합총회는 통일에 대한 선교정책을 정리하여 북한선교와 통일 두 가지를 동시에 추진하여 평화선언을 발표하고 2005년에는 광복60주년을 맞아 남북교회지도자가 금강산에서 회동하는 등의 성과를 이루었습니다. 한국교회의 여성안수실현 1990년대 한국교회의 커다란 사건중 하나는 1994년에 이루어진 여성에 대한 치리권과 목사안수 실현이었습니다. 이는 1933년 함남노회에서 여성노회원의 청원과 노회의 허락, 총회의 부결이 있은지 만61년만의 일이었습니다. 당시 여성안수를 놓고 교계에서 논쟁이 벌어지기까지 하였으나 이후 한국교회가 식물교회로 전락하여 논의가 중단되었다가 1945년 광복 후에 여성안수 논의는 부활했습니다. 이에 따라 여성무마차원에서 권사직이 신설되어 항존직으로 변경되었으나 여성안수에 대한 청원과 추진은 70년대 들어 여전도회전국연합회에 의해 적극적으로 계속되었습니다. 이런 가운데 1971년에는 총회에 정식 안건으로 채택되었고 이후 계속 부결되기는 했으나 1978년 총회에서는 불과 11표차로 부결되는 등 총회통과가 점차 현실로 다가오는 가운데 여전도회전국연합회는 자체논의를 본격화하고 설문조사를 하는 등 보다 적극적 대책을 마련했습니다.