1950년대는 한국전쟁이 발발로 시작하여 모든 것이 무너지고 파괴된 가운데 온 국민이 극심한 고통과 절망을 겪는 어려운 시기였습니다. 이때 교회는 주어진 과제를 감당하지 못하고 오히려 이를 더욱 악화시키는 분열을 거듭했습니다. 1952년 1차 분열로 고신교단이 분립하고 이어서 1954년 2차 장로교 총회의 분열로 기장교단이 탄생한 이후 교단분열의 여파는 각 노회와 개 교회의 내부 갈등과 분쟁으로 번져갔습니다. 그러자 분열된 장로교단을 하나로 이끌 지도자로 이원영목사가 총회장에 추대되어 1934년 신사참배결의 취소 성명을 발표하는 등 교단통합을 위해 힘썼으나 1959년 3차 분열로 합동과 통합교단이 생겨나게 되었습니다. 그러나 분립의 배경에 대해서는 양 측이 신학교공금사기사건과 WCC문제로 각각 다른 인식을 가지고 오늘까지 지내오고 있습니다. 한편 이러한 일련의 분열사태에 대해 한경직 목사는 장로교의 전통은 상호 연합과 협조이고 WCC와 결별하는 것은 국제사회에서 고립을 자초하는 것이며 아시아의 공산화를 막기 위해 아시아 교회와의 연합과 연대가 매우 중요하다고 주장했습니다. 나아가 모든 에큐메니칼 관계는 각 국가와 교회 간 대등한 수평적 관계를 유지하는 것이라고 강조하였으나 아쉽게도 이러한 선각자적 인식과 주장은 한국교회 전체의 리더십으로 발휘되지 못했습니다. 장로교단의 분열은 각 노회와 개 교회의 분열, 교인간의 갈등으로 발전했으나 청도 박곡교회의 경우와 같이 갈라진 교회가 30년 만에 재결합하는 등 재 통합을 위한 기도와 노력은 오늘까지 계속되고 있습니다.