Depuis 2008, un programme sur les sanctuaires d'Alésia est en cours de réalisation. Financé par le ministère de la Culture (SRA Bourgogne), il fédère l'université Paris 1 Panthéon-Sorbonne et l'UMR ARSCAN, l'université de Bourgogne et l'UMR ARTEHIS. Deux lieux de culte ont été fouillés dans ce cadre, en particulier celui d'Apollon Moritasgus à la pointe Est du Mont Auxois, qui est d'abord un enclos à banquets à l'époque gauloise, délimité par un fossé qu'on a retrouvé rempli d'ossements animaux et d'amphores à vin, avant de devenir, à la période romaine, un sanctuaire monumental avec un temple en forme d'octogone, un portique, des thermes, des canalisations et des bassins pour recueillir l'eau des sources qui jaillissent sur le site même. Grâce au géoréférencement systématique du mobilier archéologique, on a pu cartographier précisément les espaces d'exposition différenciés des offrandes de métal et de pierre. En dix ans, les techniques d'investigation et d'enregistrement n'ont cessé d'évoluer, ce que reflète le documentaire. La formation tient aussi une place dans le projet global. La fouille du lieu de culte d'Apollon Moritasgus est également un chantier-école, sur lequel sont passés plus de 500 étudiants de tous niveaux et de toutes nationalités depuis le début du programme, encadrés par une équipe d'intervenants expérimentés, chercheurs et enseignants-chercheurs, doctorants, spécialistes de topographie, de restauration préventive et des différentes classes de mobilier.