Au XVIè siècle, des missionnaires, dont le jésuite François-Xavier, un des fondateurs de la Compagnie de Jésus, arrivent au Japon, à la suite de commerçants venus de Goa (comptoir portugais à l’époque). Les missionnaires s’installent, apprennent la langue et convertissent des Japonais. La communauté catholique japonaise s’agrandit. Mais au XVIIè siècle, le catholicisme est interdit par les Shogun qui dominent le pays d’une main de fer, des persécutions qui dureront plus de deux siècles et demi : tortures, massacres, conversions forcées au bouddhisme, interdiction de pratiquer sa foi chrétienne. Malgré cela, la foi s’est transmise de génération en génération, de façon secrète, sans prêtre, sans clergé, avec très peu d’écrits.