O agente causador da febre amarela é vírus do gênero Flavivirus. Os reservatórios das formas urbana e silvestre são os mosquitos, principalmente dos gêneros Aedes, Haemagogus e Sabeths. Entretanto, na doença urbana o homem é o único hospedeiro com importância epidemiológica e na forma silvestre, os primatas são os principais hospedeiros.