Apologetika.lt misija susideda iš 5 dalių: Pristatyti artikuliuotą ir intelektualų pagrindimą biblinei krikščionybei viešajame diskurse bei jį apginti; Kviesti netikinčiuosius pažvelgti į krikščioniškosios tiesos teiginius, juos ištirti bei suprasti, kokias implikacijas Evangelija turi jiems asmeniškai; Padėti krikščionims įsišaknyti tikėjime; Įgalinti tikinčiuosius įtikinamai ir pagrįstai artikuliuoti krikščionybės tiesas bei pagarbiai atsakyti tiems, kurie turi klausimų/prieštarauja/neigia krikščioniškąjį tikėjimą; Praktiniu patarnavimu liudyti Kristaus meilę ir Evangelijos jėgą.