Summary 生物時計に関わる分子の核内局在に関する論文を紹介しました Starring イシ、エビ Show notes Xiao et al., 2021, Clock proteins regulate spatiotemporal organization of clock genes to control circadian rhythms. PNAS: 今回紹介した論文。 Bhat et at., 2021, Nat. Rev. Mol. Cell Biol.: Phase separationによるnuclear compartmentalisationに関する総説 Buchwalter et al., 2019, Nat. Rev. Genet.: Nuclear peripheryに関する総説 Chromosome territories Rabl orientation: 1885 年にCarl Rablが著書 “Über Zelltheilung” (直訳: 細胞分裂について)...

Summary 原核生物の汎ゲノムを解析してコア遺伝子群とアクセサリ遺伝子群の組換え頻度を解析した論文を頑張って紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes Steinberg et al. (2022) eLife: 今回紹介した論文。オープンアクセス。2022/11/13 現在、eLife には論文のバージョンという概念があり、今回はバージョン2を紹介しました。 Kussell Lab Non-allelic homologous recombination 16SリボソームRNA Maiden et al. (2018) PNAS: Multilocus sequence typing のオリジナル論文 Pan-genome: なぜか日本語のページが存在しない… 昨年の 4 月には Human Pangenome Reference Consortium から ヒト汎ゲノムプロジェクトについての Perspective paper が公開されていました。 14:55 あたりの Pan-genome...

Summary 面白くないジャーナルクラブ、ナレッジベース、習慣、読書などについて徒然なるままに雑談しました。 Starring イシ、エビ Show notes Itai Yanai Night science Zotero: 文献の管理で使われる Logseq: エビのイチオシ Roam research モーニングページ 7つの習慣 Audible: 収録から半年、まだ続いてます。 ホモ・デウス 森博嗣 すべてがFになる(アニメ) Crunchyroll JBL GO2 喜嶋先生の静かな世界 Kindle Unlimited 20世紀少年 MONSTER (アニメ) BECK HUNTER x HUNTER 嘘喰い チェンソーマン ブルーピリオド 動物のお医者さん 映像研には手を出すな Editorial notes 飛行機で行方不明になった荷物が届くのにかかった期間(4か月) このエピソードの編集を始めるのにかかった期間 (5か月)(イシ) ...

Summary イノベーションが「隠れた変異」によって起きるしくみについて論文紹介しました Starring イシ、エビ Show notes Life finds a way: 映画ジュラシックパークの1シーン Hayden et al., 2011. Cryptic genetic variation promotes rapid evolutionary adaptation in an RNA enzyme. Nature: 1本目の論文 Zheng et al., 2019. Cryptic genetic variation accelerates evolution by opening access to diverse adaptive peaks. Nature: 2本目の論文 Andreas Wagner Wagner lab Arrival of the fittest Andreas Wagnerのトーク Cryptic genetic variation: e.g. Pabby & Rockman 2014...

Summary HUSH 複合体がレトロエレメントをサイレンシングするメカニズムを調べた論文を紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes Seczynska et al. (2021) Nature: 今回紹介した論文。オープンアクセス。 Paul Lehner lab 5:05 あたりのウイルス由来のねじれた環状 DNA: cccDNA のこと。 自然免疫系 Vessoni et al. (2013) Cell Death & Differentiation: オートファジーがゲノムの品質維持に関わることを説明した総説論文。 cGAS-STING 経路: 興味深いことに、STING タンパク質は進化の過程でバクテリアから獲得されたことが報告されている (Morehouse et al. 2020) 11:20 あたりのクロマチンのサイレンシング: Allshire and Madhani (2018) を見ながら話をしました。 レトロエレメント: レトロウイルスがゲノムに取り込まれた DNA 配列 HUSH...

Summary ワークショップに参加した話や今年のノーベル医学・生理学賞を受賞した Pääbo 博士の著書の話をしました。 Starring エビ、イシ Show notes スイスのコロナ情報: 2022 年の 4/1 以降スイス政府はコロナに関する制限を全廃した。 The yin and yang of chromosomal and extrachromosomal DNA: エビが参加したワークショップ。ロカルノ国際映画祭で有名なスイスのアスコナ州で 6/17-20 の期間で開催された。 東邦大学の B 染色体を解説する記事: 閲覧注意！リンク先に虫の画像が出ます。 Aldrich et al. (2017) Sci Rep: Wasp (狩蜂) の B 染色体について発表した Patrich M. Ferree のグループの論文。オープンアクセス。 Speciation - Gordon Research Conference ネアンデルタール人は私たちと交配した: 度々この podcast で話題に上がる本。 Svante Pääbo:...

Summary 雑談をしました。 Starring イシ、エビ Show notes ESEB Bedford & Hoekstra, 2015, eLife: Deer miceを紹介している論文。Fig 1の系統樹に注目 『メンター・チェーン ─ノーベル賞科学者の師弟の絆』 “Apprentice to Genius: The Making of a Scientific Dynasty” Neurotree The Academic Family Tree: 色々なアカデミック家系図がある。それぞれの家系図が接続している Dobzhanskyの有名な格言: Nothing in Biology Makes Sense Except in the Light of Evolution Editorial notes 〇〇treeはぜひ試してほしい(イシ) 何でも面白がれる才能を身につけよう(エビ） 収録日: 2022.09.17 編集: イシ

Summary マウス初期胚の 8-16 細胞期に特異的な紡錘体構造を発見した論文と「データ視覚化の人類史」という本を紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes Wordle バクマン。 DEATH NOTE ゼルダの伝説ブレスオブザワイルド Pomp et al. (2022): 今回紹介した論文。残念ながらオープンアクセスではない。 紡錘体: エピソード7 Self-organising spathetti monster を参照。 Plachta Lab Plachta et al. (2011): マウス初期胚においてゲノム DNA に対する転写因子 Oct4 のアクセシビリティを測定し、細胞系譜を予測する論文。。今回紹介した論文のラストオーサーがポスドクの時の仕事。 Photo-activated GFP: 光変換型の GFP。Patterson and Lippincott-Schwartz (2002) を参照。。同じような蛍光タンパク質に Kaede、Dendra2 や EosFP...

Summary 「突然変異はランダムではない」から始まるツイートで話題になった論文について話し、ランダムな秋田談義をしました Starring イシ、エビ Show notes Monroe et al., 2022, Nature: 今回紹介した論文 “Mutations are NOT random” ツイート Futuyma. Evolutionary Biology 2nd edn (Sinauer 1986) Futuyma. Evolution 3rd edn. (Sinauer 2013): “Mutation is random in  two senses. First, although we may be able to predict the probability  that a certain mutation will occur, we cannot predict which of a large  number of gene copies will undergo the mutation. The spontaneous...

Summary 年越し雑談しました。 Starring イシ、エビ Show notes 全長版show notesはこちら ソバ Fagopyrum esculentumi アジアイネ Oryza sativa インディカ: いわゆるタイ米はインディカ米全般らしい バスマティ ビリヤニ: バスマティを使った代表料理 ジャスミン ジャポニカ ミルヒライス リゾット eLifeの“publish, then review” モデル Gboard 日本語入力〇〇バージョン 湯呑みバージョン 物理フリックバージョン 物理手書きバージョン モールスバージョン: URLに注目。 ピロピロバージョン: URLに注目。 スプーン曲げバージョン: URLに注目。 遊舎工房 散財TV なおしま HHKB Raspberry Pi こんな感じのインキュベーターを使ってます アルデュイーノ バーのベル 短い論文について 生命、エネルギー、進化. ニック・レーン: 原著は The Vital...

Summary 大腸菌において DNA の相同組換えを生細胞イメージングした論文を紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes Wiktor, Gynnå, et al. Nature (2021): 今回紹介した論文。オープンアクセス。 Johan Elf ラボの HP: HP の表記が独特。関連する内容として Episode 11 参照。 4:45あたりのBiophysical: 正しくはイシが言ったように Biophysics です。なぜかエビは繰り替えし言い間違えていた。 転写減衰 大腸菌にもセントロメアが見つかった: 総研大の仁木先生による記事。 Marklund et al. Nature (2020): LacI が LacO 配列を検索するメカニズムを探究した論文。Elf ラボの HP から PDF にアクセス可能。 Jones, Leroy, Unoson, et al. Science (2017): 大腸菌を用いて dCas9 (切断活性が失われた Cas9 の変異タンパク質)...

Summary 雑談しました Starring イシ、エビ Show notes PubMedの新着論文のSlackアラート Arrival of the fittest: 初版は2014。イシの持っているペーパーバックは2015。邦訳『進化の謎を数学で解く』は2015。 Andreas Wagner SciEnTalk: Ep. 49 弁護士検索 できる研究者の論文生産術 どうすれば「たくさん」書けるのか ポモドーロテクニック gnome-pomodoro: イシが最近使い始めたもの。i3wmのconfig fileでショートカットを設定してキーボードだけからスタートストップができるようにしている。 Be Focused: エビがつかっているもの。 Oura Ring: エビが使っている、睡眠をトラッキングするウェアラブルリング。 i3wm上でDiscordで画面共有するとバグる: snapのパッケージを使っていたかららしい(tweet)。 「サイといえばゾウ」: 生物学やっているとは思えない雑さ The elephant...

Summary サイのゲノム論文を紹介しました。 Starring イシ、エビ Show notes 完全版は こちら リトリート: 合宿みたいな感じで遠くに行って発表・議論する内輪のイベント。 タイル型ウィンドウマネージャ スタック型ウィンドウマネージャ i3wm: イシが使い始めたもの。 Liu et al., 2021, Cell: 今回紹介した論文。 Cellの表紙のサイ サイ論文のプレビュー isthmus: 地峡 Isthmo-Colombian area 「家系図のようなもの」: イシが家系図と言うのを避けているのはgenealogical ancestry(家系図上の祖先)とgenetic ancestry(遺伝子の祖先)の違いがあるからだったりする。 Center for Evolutionary Hologenomics, GLOBE Institute Tom Gilbert Shanlin Liu クロサイ: Genome Arkにゲノムアセンブリが公開されている。 シロサイ ジャワサイ ...

Summary 紡錘体形成チェックポイントの恒常性が mRNA のコドン使用頻度によって担保されることを報告した論文を紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes 湿度を感知する仕組み ... 収録後に調べてみると、Drosophila が湿度を感知する仕組みの論文を発見しました。ヒトなどを含めてあまりよくわかっていない模様。関係ないですが、以前読んだ蚊が温度を感知する仕組みを報告した論文を思い出しました。 サウナ イスタンブールの湿度 ... イスタンブールは地中海性気候 (Csa) と温暖湿潤気候 (Cfa) の境界に位置する。 「同じ温度で違う湿度でのヒトの表面付近の温度分布」...ダイキンのうるるとさららZEASの紹介ページにまさにそんなサーモカメラ写真があった（ただし2枚の写真が対照実験ではなく経時変化のイメージングの可能性あり）。 Esposito, et al. bioRxiv (2021) ... 今回紹介した論文。オープンアクセス。 Hauf lab 紡錘体形成チェックポイント (Spindle assemby checkpoint;...

Summary Social genetic effectsに関する論文を紹介しました。 Starring イシ、エビ Show notes コロンビア大学 コロンビア ワシントンD.C.: 正式名称「コロンビア特別区」 コロンビア(サウスカロライナ州) ブリティッシュコロンビア Grammarly Colombia/Columbiaに関するボゴタの英語地元紙の社説 コロンブス 「試験を受ける」の英語 スイミー: 黒い魚が１匹だけだったのがもともといた黒い魚の群れがマグロに食われたからだということをすっかり忘れていました。 ハンチントン病: 遺伝子型と表現型が1体1対応している例として。 2型糖尿病: 遺伝子型と表現型が1体1対応していない例として。 Ribeiro et al., 2020, eLife: 今回紹介した論文。 ゼブラフィッシュ Donaldson & Young, 2008, Science: Vasopressin/oxytocinとsocial...

Summary 染色体を分配する紡錘体の構造の安定性を解析した論文を紹介しました。 Starring エビ、イシ Show notes 完全版はこちら -> https://gist.github.com/StopCodonfm/29bdae1f054efc669afac638b509bb88 「ついに DARK を観終えた」 ... Episode 1 で触れた、Netflix オリジナルドラマ DARK についての話。4 周したイシも最終回は未視聴だった。 ドキュメント 72 時間 ... NHK 制作のドキュメンタリー番組 Long et al. Journal of Cell Biology (2020) ... 今回紹介した論文。フリーアクセス。エビが論文を読んだ当時は気がつかなかったが、本論文は Jounral of Cell Biology 誌の Editors' picks 2021 に選出されていた。 紡錘体 ... 染色体を分配する巨大な分子装置。 動原体微小管 (Kinetochore microtubules) ......

Summary 動物の音声コミュニケーションでの"turn-taking" のメカニズムに関する論文3本をまとめ読みしました。 Starring イシ、エビ Show notes ヨーロッパコマドリ(robin, Erithacus rubecula) コマドリ(Japanese robin, Luscinia akahige) Okobi, Banerjee et al., 2019, Science: 1つ目のSinging mouseの論文。 Co-first authorのBanerjeeによるトーク Science誌のsinging miceの紹介記事: 動画も観られる。 "できなくはないけど大変そう": 泥臭い行動実験・観察の熱い話は蜂の群れに人間を見た男ー坂上昭一の世界がオススメ。 皮質のホムンクルス 筋電図: OMC (orofacial motor cortex) Perturbation: 人為的な操作(今回は電気刺激)で何かのプロセス(今回はOMCの正常な活動)を邪魔("摂動")すること。 ...

Summary インパクトのある論文を早期に予測する AI 論文、ニホンイトヨリ日本初確認とおもしろい学名、最近観た自然ドキュメンタリーについて話しました。 Starring エビ、イシ Show notes リンク付きの完全版はこちら Weis and Jacobson. Learning on knowledge graph dynamics provides an early warning of impactful research. Nature Biotechnology (2021) ... インパクトが大きくなる論文を早期に予測する AI 論文。Nature Portfolio の Twitter アカウントが投稿したツイートには沢山の引用リツイートがぶら下がっている。 デルポイ "In a world of expanding science and limited resources, quantitative approaches such as DELPHI can be used to help guide research funding...

Summary Mutation spectrum に関するプレプリントを紹介したのち、雑談として内なる地球平面説論者について話しました。 Starring イシ、エビ Show notes Sasani et al., 2021, bioRxiv: 今回紹介したプレプリント。bioRxivにポストされているので誰でも読める。 Mutation spectrum (pl.  spectra):6種類あるDNAの1塩基の変異の起こるの確率の分布のこと。今回は6種類の1塩基変異だけではなく4種類の塩基の前後1塩基ずつのコンテクストを考慮して96種類の変異の確率の分布を考えている(例えばAAA>ATAとAAC>ATCはどちらもA>Tだが別々にカウントする)。日本語の情報がほぼない。 Kelley Harris: ラストオーサー。 Workshop on population and speciation genomics: イシが2020年1月に参加したpopulation...

Summary 絵画と斧投げ、広義のボルボックス目に属する三種を比較して多細胞性の仕組みを追求した論文について話しました。 Starring エビ、イシ Show notes この余白は狭すぎる... (リンク付きの完全版はこちら, https://gist.github.com/StopCodonfm/4a87603fa8c30df838303fe9da536c85) 傷ついた天使 (原題: Haavoittunut enkeli) ... フィンランドの画家 Hugo Simberg の作品。イシのお気に入り。ヘルシンキのアテネウム美術館に所蔵されている。 ウィトルウィウス的人体図 (原題: Homo Vitruvianus) ... 実物の寸法は 34.4 cm x 25.5 cm。ちなみに脊椎動物ゲノムプロジェクト (GenomeArc) のヒトのページにはウィトルウィウス的人体図が採用されている。 バベルの塔 ... フランドルの画家 Pieter Brugel I の作品。エビのお気に入り。 雪中の狩人 ... 本編でイシが好きだと言っていた...

Summary 性染色体遺伝子量補償のメカニズムを2つ持ち合わせたチョウの論文を紹介しました。 Starring イシ、エビ Show notes Monarch butterfly: 和名オオカバマダラ。北米ーメキシコ間の渡りで有名。自然保護活動の一環で人工繁殖などもされているが、captivityで育ったmonarchが渡りをしなくなるという報告もある (Tenger-Trolander et al., 2019, Contemporary loss of migration in monarch butterflies)。 Gu et al., 2019, Dichotomy of Dosage Compensation along the Neo Z Chromosome of the Monarch Butterfly: 今回紹介した論文。オープンアクセス。グラフィカルアブストラクトだけで全てわかって素晴らしい。 James Walters lab Bachtrog, 2006, A dynamic view of sex chromosome...

Starring イシゴオカ、エビ Show notes DARK (ドラマ) ... イシゴオカとエビがオススメするドイツ発の Netflix ドラマ。全 3 シーズンで、完結済。 PSP Jailbreak Paul Nurse ... イギリスの遺伝学者。元王立協会の会長。分裂酵母を用いた研究で細胞周期の主要な制御因子を見出した。この業績により 2001 年にノーベル生理学・医学賞を受賞した。 What is life?: Understand Biology in Five Steps (本) ... Paul Nurse 博士初の著書。生物学が専門でない人にも理解できるように、平易な言葉で記されている。2021 年の 3 月には日本語訳がタイヤモンド社から出版された。 Lewis Wolpert ... イギリスの発生生物学者。南アフリカ出身。発生中の多細胞系における French-flag model の提唱で有名。ウォルパート発生生物学という有名な教科書がある。2021 年の 1 月に亡くなられた。 Web of Stories の...