久々のSfN参加、初Thanksgiving、Twitterからの移行に関する雑談。論文紹介は、カリウム選択的チャネルロドプシンの構造、魚の脳発達は氏か育ちか、プルダウンアッセイと機械学習によるAAVの指向進化、など (11/26収録) Show Notes: 萩氏のアブストラクト Jeremiah Joshua Trachtenberg 古館昌平氏 ヨーロッパは運転免許証のExpireが無い：国によって違うらしい。スイスは無い、ドイツは10-15年？ GRABでペプチドのセンサー Rebuildのエピソード Twitter上での繋がりを保存するツール フラッシュ論文 論文１：Structural basis for ion selectivity in potassium-selective channelrhodopsins 加藤英明さんラボ 出てもらった時のエピソード HcKCRを最初に報告した論文 WiChRプレプリント（Sci. Adv. in press） ChRmineの論文 加藤さんのNat...

ゲスト回ラッシュの振り返り、感染フラグ、前向性健忘に関する雑談。フラッシュ論文紹介は、皮質と海馬のタスクルール表象の違い、内在mRNA依存的な外来mRNA翻訳制御法、方位選択性コラムの起源示唆、マイクログリア用AAV、実験メタデータ管理、１分子プロテインシーケンシング、等(10/15収録) Show Notes: Eve Marderの新作 The Complement Sandwich 感染した場合は180日後くらいの方が抗体価上がる ASCONA meeting アメリカ政権のオープンアクセスMandatory AAASのプレプリントに対するポリシー  DIANA論文 Abema Primeのひろゆき全推し回、YouTube Mさん（Henry Molaison）について、ラリースクアイアによる追悼記事 Henry Molaisonは海馬じゃなくてエントライナルが飛んでた メメント 論文１・Samborska et al., Complementary task representations in hippocampus and...

We sat down with Lukas Ian Schmitt (@lucidianS), a team leader at RIKEN CBS, and talked about his trajectory, life in Japan, past and ongoing projects about the distributed computation in the cortico-thalamic loop, and related works (Recorded on 9/10) Show Notes: Ian’s lab at RIKEN: Laboratory for Distributed Cognitive Processing Miho: Miho Nakajima-san Mike Halassa’s lab @NYU->MIT Phil Haydon’s lab @Tufts The Neuron by Kaczmarek (and Levitan) (Still have the original on my shelf...

理研CBSの中島美保さん（@mihonakajima）がゲスト。大学院時代とポスドク時代の仕事の背景、それらを踏まえたCell Typeに関する議論、特定の高次機能を問うためのTailor-made行動試験の作り方、などを伺いました (8/17, 9/10 収録) Show Notes: 認知分散処理研究チームHP 中島さん業績集 Nat Heintzラボ オキシトシンに反応するmPFCニューロンのメス性行動への影響…のお仕事 BAC Tgの基礎を作ったHeintzたちの仕事 in 1997 BAC トランスジェニックの神経科学への応用を解説した2001年のレビュー Michael Halassaラボ Halassaラボでの注意機能による感覚選択を司る脳回路、のお仕事 その自閉症モデルでの状態と緩和方法探索、のお仕事 イアン・シュミット GENSATの論文 TRAP ：ここではTranslating Ribosome Affinity Purification (TRAP) のこと。その１ その２ Parafascicular...

ゲスト参加型のJournal Club。海馬CA1ニューロンにおけるFos発現と場所表象・神経活動の双方的な関係を調べた論文を題材に、北西卓磨さん(@tkitanishi)、吉良信一郎さん(@ShinichiroKira)、田中和正さん(@Kazu_ZT)、柳下祥さん(@sho_yagishita) とディスカッションをしました。(9/22 収録) Show Notes(完全版): お題の論文：Fos ensembles encode and shape stable spatial maps in the hippocampus 田中さん NR田中さん回 北西さん NR北西さん回 Part1 Part2 柳下さん 吉良さん Harveyラボ Greenbergラボ 田中さんのトムラボでの論文 Thomas McHugh よく使われるcFos-tTA, Mayfordの作ったライン *knock-inと言ってますがtgです(萩) の元論文 最初の利根川研での仕事 Fig1fgでshGFPがまあまあ綺麗に見えている ...

認知症研究者の佐野俊春さん（@tsano321）に、アルツハイマー型認知症のAβ仮説の歴史と論拠、最近の基礎研究・臨床試験の動向、今後の展望について教えていただきました（9/3収録） Show Notes (完全版): 佐野さん タンパク質構造疾患研究チーム 岩坪研 PhD時代の仕事（の一部） 博士論文の要旨 神経変性疾患のプリオン様伝播仮説 生活習慣病と認知症のレビュー by 佐野さん Aβの治験が上手くいかない：Aβを標的とする抗体医薬の治験失敗が続く中で2018年に出たコメンタリー 抗Aβ抗体医薬が効かない原因の考察を含むSelkoe達によるAβ仮説レビュー Aβ*56捏造疑惑に関する記事 Aβ*56捏造疑惑が出た時のAlzforumの反応 Aβオリゴマーが神経細胞毒性を有する 富田先生によるアルツハイマー病の歴史の表 1984年 アルツハイマー病患者の脳内の血管壁に沈着したAmyloid βを単離 老人斑の主要構成成分はAmyloid β 1987年 APPのクローニング 1992にamyloid...

帰ってきた北沢太郎さん(@kitazawa_taro) 。これから参入するEngram業界の学会@ダブリンの印象、そしてDANDRITEでのラボ立ち上げから一カ月が経過した現在の状況。特にリクルーティング、ヨーロッパ・デンマークのファンディング事情、人的ネットワーク作りなど（9/18収録） Show Notes: 北沢さんラボ 北沢さん前回収録 その１ その２ DANDRITE Engram 学会 CaMPARI2 GeorgがV1ミスマッチでやったよね、という話をするのを忘れた(萩) Greenberg とHarveyのNature Johannes Graff 僕の論文 ERC Christine Denny がArcプッシュ Arcのviral transmission Greenberg LinのScienceは2011でした FosとArcを比べたCell 活動との相関性 Npas4-”FH”はFlag-HAのknock-inで、免疫染色しやすいライン。 Yap et al. FosKOの表現型 ...

伏線回収、円安・オイル高騰中の海外生活・学会参加に関する雑談など。後半は、SNcドパミン神経の細胞体と軸索＠線条体の活動をサブタイプ毎に観察した仕事、カリウム選択的なチャネルロドプシンに関する論文×２、Eve Marderのエッセイを元にしたディスカッション（7/16収録） Show Notes: コロナ中に収録したエピソードその１ その２ Mark Anderman のパートナー、Maria Lehtinen David Kleinfeld 細胞そのものがセンサー(CNiFERs) Dombeckラボ Awatramaniラボ 論文１：Dopaminergic axons track somatic signaling in behaving mice Joshua Berke のラボから出ていたVTAの細胞体とNAcドパミンのdissociation  アセチルコリンがドパミンの軸索でAction Potentialを起こす  Amatramaniラボからの前報で、SNcドパミンの形態を細胞種毎にキャラクタライズした仕事  ...

Thorlabs Japanの勝木健雄さんをゲストに、顕微鏡作成サポート業務、東大・遺伝研・UCSDでの神経科学者としてのキャリア、Thorlabs の企業文化、そこで働く醍醐味ついて伺いました（6/5収録） Show notes: 勝木さん Thorlabs Japanのホームページ 柳下さん Doricのフォトメトリーシステム Thorlabsのフォトメトリーシステム Thorlabsの２万種類以上の部品 河西研のファイバーフォトメトリーの論文 柳下さんのシステムはこちらの論文に基づいています(by 勝木さん) 理研の山森研 ThorlabsのBergamo 回転する一光子顕微鏡（pdf） パーツの組み合わせ ソーラボのgithub openなんとかのひとつ Janeliaの2p-RAM論文 ↑のThorlabsでのコマーシャライゼーション：Multiphoton Mesoscope UCL, Hausserの二光子Stimulation ↑のThorlabsでのコマーシャライゼーション（Bergamo...

齋藤諒さんゲスト回、後編。Broad Institute、他ラボとの差別化、CRISPRの賞レース、ボスと異なる独自性を出すこと、について伺いました（7/9収録） Show Notes: ATAC-seqでぷらすみどのシークエンシングする（ぷらすみどをTn5でtagmentationして、barcodeつきprimerでPCRして、まとめてNGSにかけるということです。。。by齋藤さん） 濡木研から来たポスドクの方：平野さん Z-lab メンバーを参照 Aviv Regev Eric Lander Jim Collins David Liuがデリバリーをやる: eVLP Base editor Fei Chen Omar Abudayyeh Jonathan Gootenberg Xiao Wangラボ Spatial transcriptomics回 こうせきはラマン McGovern InstituteのFellow David Bartel ハワードヒューズ: Howard Hughes Medical...

Broad Instituteの齋藤諒さんゲスト回、前編。スイスFMI時代のHDAC6のお仕事、ポスドク先探し時のエピソード、CAST I-BとV-KのHoming機構論文の背景、Fengの人柄＆ラボでの生活、等について伺いました（7/9収録） Show Notes: Jennifer Doudna のThe Code Breaker SHEROCKによるCOVID-19の検出 Broad Institute Feng Zhang FMI 早稲田の先進理工学部の生命医科学科 City of Hope 楽しかった研究@早稲田仙波研 FMI指導教官、Patrick Matthias Ph.D.のプロジェクト アセチロームの解析をやっているChunaram Choudhary Steven McKnight 加藤さんの仕事（実際にきっかけとなったのは、FUSのリン酸化ではなくGYGモチーフに関するmutagenesisの実験でした。by齋藤さん） ...

マックスプランクフロリダの安田涼平さん（@Ryohei_Neuro）をゲストに、１分子イメージングから１スパイン・分子活性のイメージングへと分野を変えていった時に考えていたこと、Karel Svobodaのラボでポスドク時代に学んだこと、その後の独立、マネジメント哲学、最近の研究とこれからの新しい展開などについて伺いました（6/5収録） Show Notes: 安田さんラボHP 安田さんブログ 安田さんHP記事 アメリカでラボを持ちたい！ マックスプランクフロリダ (Max Planck Institute Florida Institute for Neuroscience) ATP合成酵素が回転するところをアクチンつけて観た仕事 東工大（当時）の野地さん：現在東大で主催しているラボ 木下研HP（早稲田へ） カレル：Karel Svobodaのこと。安田さんのポスドク時代のボスであり、萩原の現・ボス。 Karelが見つけたキネシンのステップ 120°ずつ回転、仕事効率ほぼ100% Winfried Denk...

Allen Instituteでのラボミーティング形式、リフレッシュ方法、PDF日本語訳の活用、等について雑談。フラッシュ論文紹介は、分スケールの周期を持つ反復する発火シーケンス＠MEC、mPFCから海馬への長距離抑制性入力が起点となるdis-disinhibition回路、異なる個体の神経活動を類似した潜在空間に埋め込む手法、など。(5/23収録) Show Notes: 来春にWyss研究所移転 SfN:Society for Neuroscience 北米神経科学会。世界最大の超巨大神経系学会。 Cosyne Meeting 近所のメキシコ料理屋の美味しいブリトー（El PelonのEl Guapo, guacamole追加がオススメ） Schnitzer論文 論文その１：Minute-scale oscillatory sequences in medial entorhinal cortex  Striatumを冷やした時の時間認知変化 論文その２：Top-down control of hippocampal...

北西卓磨さん(@tkitanishi)ゲスト回、後編。予算申請書の書き方、研究室のスタッフから独立ポジションに移るまでのこと、今後行っていく大規模記録・多変量解析の方針などについて伺いました（4/27収録） Show Notes: 日本語の作文技術 頭が赤い魚を食べる猫 北西さんが採択されたAMED-PRIME 永井先生 伊佐先生 先進科学研究機構の人事 Buzsakiラボ NR, 五十嵐さんに言わせると…の回 最近Communications Biologyに出した仕事 瞬間的に介入したとしても、いろんなことが起きる (Otchy et al) Discrete Attractor Dynamicsの仕事（Inagaki et al)　短期記憶を保つ神経細胞集団からの記録中にオプトで神経活動を阻害し、集団の活動がどうリカバリするかを見ることでアトラクタ構造を明らかにした仕事。 自然にあるディスクリートアトラクターの遷移を追った研究の例 パーコレーション（8.2を参照） パーコレーション理論を神経回路動態の解析に適用した例 ...

今年３月に東大先進科学機構で独立した北西卓磨さん(@tkitanishi) をゲストに、電気生理 × AAV 黎明期の様子、ノルウェー生活、SPD～スタッフ時代の研究について伺いました。後編に続く（4/27収録） Show Notes(完全版): 北西ラボHP 総合文化研究科先進科学研究機構 岡ノ谷ラボ（現帝京大） 博士の仕事 田代ラボ（現シンガポール） 田代ラボでのお仕事 の筆頭著者レビュー 2005年のオプト論文 PINP論文 (=OptoID or OptoTagging) 田代さんのERCグラント 利根川先生のエングラムの話 Open Ephys Kavli Institute (for Systems Neuroscience) Moserラボ 五十嵐さん 伊藤さん 上村さん 小金澤さん Menno Witterラボ Mor Ther. Generation and Characterization of Chimeric Recombinant AAV Vectors 学振SPD:...

東大先進科学機構の加藤英明さん(@emeKato)をゲストに、今回のChRmine構造論文やこれまでの仕事の背景、神経科学者が構造生物学について知っておくと良いこと、今後の構造生物学の展開等を伺いました。(2/20収録) Show Notes(完全版は番組HP): 加藤研 加藤さん過去インタビュー 1 2 ChRmineの論文 濡木研 Brian Kobilkaラボ Brianノーベル賞のページ 2012年のNature論文（ChR1とChR2のキメラ、C1C2の構造解析） の新着論文レビュー 服部素之さん タンパク質結晶化の基礎と蒸気拡散法の解説 (pdf注意) 芳賀先生のNature 2012 （註：だいぶ年が間違ってましたね・・・ by 加藤さん） 脂質キュービックフェーズ（LCP）法 （pdf注意） Nanobodyを使ったBrianたちの論文 iC++の構造論文（Nature筆頭論文その３） GtACR1の構造論文（Nature筆頭論文その４） 上記論文の新着論文レビュー ...

アメリカでの運転免許取得、Mini2P、MATLABからPythonへの移行に関する雑談。フラッシュ論文紹介は海馬４重vivoパッチ、BLAドパミンREM睡眠、シータ波と歩くリズムの同期、第三世代Rabies、投射先アストロサイト標識、eVLPについて。(3/19収録) Show notes: COTEN RADIO バイオステーションゲスト回 catch-22 Koch Family Zipcar Tax Return: 確定申告のこと Mini2P論文 Biologyの方 Mini2p自体はNature Methodsに２報くらい 1 2 ノルウェーの会社製の（GRINじゃなくてElectrical Tunable Lens的なやつだった…） ゼロから作るDeep Learning vscode A neuroscientist’s Python environment (Allenの同僚・伊藤さんによるpython開発環境の解説記事。Remote development extension packが便利そう) ...

生活立ち上げPart 2、研究所システムの便利なところと融通が利かないところ、意外と良いアメリカの飲み物事情。後半はeLifeでの査読体験と実験医学の『査読の技法』をネタにPeer Reviewのやり方について雑談（2/12収録） Show notes: 雑談編 トーラス論文がパブリッシュ ↑について話したEP2 CRACK論文 ↑について話したEP4 eVLP論文 ネットで空きを探す：基本はZillowでやりました Wise (旧Transferwise)：手軽かつ割と良いレートで送金できたりする テイクアウト：米国でもTake Out、一部の地方（含ボストン）ではTo-go。英国ではTakeaway。イートインは for here シンク：アメリカのシンクにはディスポーザル（生ごみ粉砕機）がついている ソーラボ（Thorlabs） ：DIY光学系のためのパーツを売る会社 アダム：最近Allenにジョインしたライトシート顕微鏡作成のスペシャリスト Janeliaのハエを移す機械： Drosphilobot  ...

CaltechのDavid Andersonラボのポスドクで、最近Johns Hopkinsの独立ポジションを確保された苅郷友美さん（@TomomiKarigo）にお越しいただき、これまでのキャリア、ビビッドなジョブハントの経験談、直近の論文の裏話などを伺いました（9/5収録） Shote notes: 苅郷さん google scholarページ 岡良隆先生ラボHP David AndersonラボHP 2014年のLee et al. Dayu Lin 2011年の論文 苅郷さんのヒューマンフロンティア  孤独になったら緑色に：Social Isolationでタキキニンが上がる、の論文  苅郷さんのAndersonラボでの論文 Remedios et al. アン・ケネディ NeuroRumblrのサイト ERC Starting Grant Johns Hopkins のNeuroscience Department Johns HopkinsのKennedy Krieger Institute ...

大陸をまたいでの２人収録。オミクロン株が蔓延する中での新生活セットアップ、Allen Institute for Neural Dynamicsの第一印象など。後半では、最近神経科学界隈で話題のウイルスの新規変異（AAV.CAP-B10）や弱毒ワクチン（YFV-17D）について（1/4収録） Shownotes: モニュメントバレー ボストン近郊のスキー場 大学の不動産 レイク：Lake Union Social Security Number：マイナンバーのようなもの 全学でやっているポスドクのトレーニング（註：これは医学校だけでした） Uwajimaya：シアトルの日本食スーパー 一個目の論文 CaltechのGradinaru Ben Deverman PHP.BとかPHP.eB とか PHP.eBの感染にはLy6aというタンパク質が必要 その１その２ CLOVER Capsida Biotherapeutics Paul H Patterson マーモセットでやる：最近出てました ...

初のインダストリーからのゲスト。Wyss Institute から 10x Genomics に就職された佐々木浩さん(@popeetheclown)にお越しいただき、アカデミアとインダストリーの研究スタイルや自由の違い、海外就活の詳細なタイムラインと勘所、インダストリー研究ならではの醍醐味について伺いました（11/22 収録） Shownotes: 佐々木浩さん 10x Genomics Wyss Institute HP 泊研HP RISCの形成過程再構成＆一分子イメージングのお仕事 論文 筆頭著者レビュー aaRS(PheRS)に関する構造生物学のお仕事 DNA-PAINTの簡単な説明 ぽん（Peng Yin）ラボHP DECODE-PAINTのお仕事（講演アブスト） 兵庫県立大学の吉久先生 日本RNA学会 上海科技大学の多田隈さん DNA Origami 2006の論文 University of Washington の Brianラボ アカデミアとインダストリーの自由度について、...

Part. 1に続きDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro)にお越しいただき、直近のNature Genetics論文の裏話と、今後行うEngram関連のプロジェクトについて伺いました（11/4収録） Shownotes: 1st著者Bipartite 論文 Kitazawa et al., Nat Genet 2021 バレレットの発生について1st 著者としての総説 Kitazawa et al., Curr Opin Neurobiol 2018 最初期遺伝子、Immediate early gene (IEG) ニューロ、エピジェネティクス、クロマチンについて総説たち 1 2 ChIPseq、抗体を使って特定のタンパク質と相互作用のあるゲノム領域を同定 H3K4me2= パーミッシブにアクティブなマーク H3K27ac=強く転写アクティブ H3K27me3=ポリコーム (Polycomb) 依存の抑制性マーク ...

デンマーク・オーフス大のDANDRITE研究所で来夏独立予定の北沢太郎さん(@kitazawa_taro, 現FMI Rijliラボ)をゲストに、これまでのキャリア・興味の変遷、FMI、ヨーロッパでの就活などなどについて話しました。(11/4収録　* 初のin-person収録ということで宮脇はお休み) Shownotes: 北沢ラボ(2022夏open予定、現在メンバー募集中)@DANDRITEのHP Aarhus大学DANDRITE (#20/21 米原さん回も参照) Nordic-EMBL EMBL 長野県の松本深志 東大医のPhD-MDコース 栗原裕基教授 Single-cell レベルでChIPseqできるCut&Run Hoxa2論文(Kitazawa et al., Developmental Biology, 2015) 鼓膜進化論文(Kitazawa et al., Nature Comm, 2015)...

BICCNのNature誌ジャックに触発され、多くの論文に関わってるThe Allen Instituteのこと、BICCNプロジェクトの全容、今回の17報の論文がそれぞれどういう位置づけにあるのか、などについて話しました（10/10収録） Shownotes: 10/20 に出る実験医学 Mesoscale Connectomeの仕事 Allen Institute for Brain Science Allen Institute for Neural Dynamics Tasic 2016 Tasic 2018 BICCNのサイトに載っている分かり易い対応図（このページの下の方） BICCNやってる人たち一覧 17報の論文：並びはNature Portfolioのを参考にちょっと改変 Flagship paper：Motor cortexの論文群をまとめたやつ。 Allen の Hongkui と UCSD の Mukamel...

五十嵐さん回その4。収録終了後の雑談からオムニバス的に編集。最近の海馬でのSpatial+α表象の仕事についての見解、リバッタルでのレビュワーとのやり取り、新メンバーのテーマ設定、などなど（8/31+9/1収録）。 Shownotes： Eichenbaumが2000年くらいに言ってたこと（Neuron） あのEvidenceの論文 Aronovの仕事 Saltzmanの論文 Wallisの論文 Shoenbaumの論文 Peter Stern (Scienceのページ、工事中…？) https://www.science.org/author/peter-stern?page=2 Moserラボ出身のNNエディター、Dave（現在Nature本誌のエディター） Grid cellのramapping/realignmentについて詳しくはこちら 森先生のカップラーメンの賞（2007年度 安藤百福賞） 五十嵐さんのカップラーメンの賞 （同上、2017年度） Miura et al.,  Cury and Uchida ...